O Conselho de Administração é a instância decisória, de natureza deliberativa da Fundação Amazonas Sustentável, responsável por definir diretrizes técnico-financeiras, aprovação de programas e indicação dos membros do Conselho Consultivo e Conselho Fiscal. Os membros dos conselhos da FAS participam de forma pessoal e não como representantes de suas respectivas instituições. Responsável pela supervisão e execução dos projetos e programas da FAS, nos aspectos técnico, administrativo e financeiro.